Tổ chức chung

Từ năm 2006 thực hiện chế độ Chính ủy, Chính trị viên trong Quân đội.[3] Tổ chức Đảng bộ trong Bộ Tư lệnh Thủ đô theo phân cấp như sau:

• Đảng bộ Bộ Tư lệnh Thủ đô là cao nhất.
• Đảng bộ Bộ Tham mưu, Cục Chính trị, Cục Hậu cần, Cục Kỹ thuật, các Sư đoàn (tương đương cấp Sư đoàn)
• Đảng bộ các đơn vị cơ sở trực thuộc các Cục, Sư đoàn (tương đương cấp Tiểu đoàn và Trung đoàn)
• Chi bộ các cơ quan đơn vị trực thuộc các đơn vị cơ sở (tương đương cấp Đại đội)

Thành phần

Về thành phần của Đảng ủy Bộ Tư lệnh Thủ đô thường bao gồm như sau:

1. Bí thư: Bí thư Thành ủy Hà Nội[4]
2. Phó Bí thư thường trực: Chính ủy Bộ tư lệnh Thủ đô
3. Phó Bí thư: Tư lệnh Bộ tư lệnh Thủ đô

Ban Thường vụ

1. Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh kiêm Tham mưu trưởng
2. Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh về động viên
3. Ủy viên Thường vụ: Phó Tư lệnh về quân sự, chính sách
4. Ủy viên Thường vụ: Phó Chính ủy

Ban Chấp hành Đảng bộ

1. Đảng ủy viên: Phó Tư lệnh
2. Đảng ủy viên: Phó Tư lệnh
3. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Chính trị
4. Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
5. Đảng ủy viên: Phó Tham mưu trưởng
6. Đảng ủy viên: Sư đoàn trưởng Sư đoàn 301
7. Đảng ủy viên: Trung đoàn trưởng Trung đoàn 452
8. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Hậu cần
9. Đảng ủy viên: Cục trưởng Cục Kỹ thuật
10. Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự quận
11. Đảng ủy viên: Chỉ huy trưởng Ban chỉ huy quân sự quận